MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia psittaci MN chromosome

Total Repeats: 22043

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018627	CGA	2	6	169	174	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406594902
2	NC_018627	AGA	2	6	187	192	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594902
3	NC_018627	CTT	2	6	224	229	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594902
4	NC_018627	T	7	7	255	261	0 %	100 %	0 %	0 %	406594902
5	NC_018627	AAGG	2	8	265	272	50 %	0 %	50 %	0 %	406594902
6	NC_018627	A	6	6	273	278	100 %	0 %	0 %	0 %	406594902
7	NC_018627	GT	3	6	308	313	0 %	50 %	50 %	0 %	406594902
8	NC_018627	TCT	2	6	330	335	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594902
9	NC_018627	A	7	7	477	483	100 %	0 %	0 %	0 %	406594902
10	NC_018627	TG	3	6	497	502	0 %	50 %	50 %	0 %	406594902
11	NC_018627	TAT	2	6	552	557	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406594902
12	NC_018627	ATG	2	6	578	583	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594902
13	NC_018627	GCGT	2	8	587	594	0 %	25 %	50 %	25 %	406594902
14	NC_018627	TGT	2	6	639	644	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406594902
15	NC_018627	ATG	2	6	658	663	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594902
16	NC_018627	TC	3	6	726	731	0 %	50 %	0 %	50 %	406594902
17	NC_018627	TTC	2	6	747	752	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594902
18	NC_018627	ACA	2	6	949	954	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406594902
19	NC_018627	AGC	2	6	963	968	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406594902
20	NC_018627	GTG	2	6	980	985	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406594902
21	NC_018627	AGC	3	9	999	1007	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406594902
22	NC_018627	CTA	2	6	1010	1015	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406594902
23	NC_018627	GGT	2	6	1019	1024	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406594902
24	NC_018627	CTT	2	6	1127	1132	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594902
25	NC_018627	CTT	2	6	1224	1229	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594804
26	NC_018627	AC	3	6	1294	1299	50 %	0 %	0 %	50 %	406594804
27	NC_018627	TTAA	2	8	1352	1359	50 %	50 %	0 %	0 %	406594804
28	NC_018627	ACA	2	6	1364	1369	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406594804
29	NC_018627	ATG	2	6	1412	1417	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594804
30	NC_018627	GT	3	6	1460	1465	0 %	50 %	50 %	0 %	406594804
31	NC_018627	TTA	2	6	1511	1516	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406594804
32	NC_018627	TAG	2	6	1575	1580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594804
33	NC_018627	TC	3	6	1583	1588	0 %	50 %	0 %	50 %	406594804
34	NC_018627	TAG	2	6	1713	1718	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594804
35	NC_018627	CTA	2	6	1767	1772	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406594804
36	NC_018627	TTC	2	6	1788	1793	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594804
37	NC_018627	TG	3	6	1887	1892	0 %	50 %	50 %	0 %	406594804
38	NC_018627	ATA	2	6	1988	1993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406594804
39	NC_018627	CTT	2	6	2055	2060	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594804
40	NC_018627	GAA	2	6	2066	2071	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594804
41	NC_018627	TGA	2	6	2127	2132	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594804
42	NC_018627	GAT	2	6	2145	2150	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594804
43	NC_018627	GTT	2	6	2181	2186	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406594804
44	NC_018627	CTT	2	6	2205	2210	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594804
45	NC_018627	T	6	6	2209	2214	0 %	100 %	0 %	0 %	406594804
46	NC_018627	T	8	8	2288	2295	0 %	100 %	0 %	0 %	406594804
47	NC_018627	TAA	2	6	2367	2372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406594804
48	NC_018627	GAA	2	6	2414	2419	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594804
49	NC_018627	AGAT	2	8	2542	2549	50 %	25 %	25 %	0 %	406594804
50	NC_018627	T	7	7	2616	2622	0 %	100 %	0 %	0 %	406594726
51	NC_018627	T	7	7	2627	2633	0 %	100 %	0 %	0 %	406594726
52	NC_018627	AGT	2	6	2640	2645	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594726
53	NC_018627	TTA	2	6	2653	2658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406594726
54	NC_018627	TCC	2	6	2682	2687	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406594726
55	NC_018627	T	6	6	2727	2732	0 %	100 %	0 %	0 %	406594726
56	NC_018627	TTC	2	6	2775	2780	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594726
57	NC_018627	GA	3	6	2783	2788	50 %	0 %	50 %	0 %	406594726
58	NC_018627	TTA	2	6	2800	2805	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406594726
59	NC_018627	TGTT	2	8	2838	2845	0 %	75 %	25 %	0 %	406594726
60	NC_018627	T	6	6	2882	2887	0 %	100 %	0 %	0 %	406594726
61	NC_018627	T	6	6	2894	2899	0 %	100 %	0 %	0 %	406594726
62	NC_018627	AGA	2	6	2931	2936	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594726
63	NC_018627	GAAG	2	8	2949	2956	50 %	0 %	50 %	0 %	406594726
64	NC_018627	TAT	2	6	2969	2974	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406594726
65	NC_018627	AGTA	2	8	2979	2986	50 %	25 %	25 %	0 %	406594726
66	NC_018627	TAT	2	6	3003	3008	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406594726
67	NC_018627	T	6	6	3008	3013	0 %	100 %	0 %	0 %	406594726
68	NC_018627	GAA	2	6	3214	3219	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594534
69	NC_018627	TTTG	2	8	3297	3304	0 %	75 %	25 %	0 %	406594534
70	NC_018627	TCCT	2	8	3323	3330	0 %	50 %	0 %	50 %	406594534
71	NC_018627	GA	3	6	3337	3342	50 %	0 %	50 %	0 %	406594534
72	NC_018627	GAAAA	2	10	3353	3362	80 %	0 %	20 %	0 %	406594534
73	NC_018627	ATG	2	6	3419	3424	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594534
74	NC_018627	AGT	2	6	3486	3491	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594534
75	NC_018627	CTT	2	6	3540	3545	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594534
76	NC_018627	CAA	2	6	3625	3630	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406594534
77	NC_018627	ATC	2	6	3776	3781	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406594534
78	NC_018627	TGG	2	6	3889	3894	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406594534
79	NC_018627	AAG	2	6	3916	3921	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594534
80	NC_018627	AGA	2	6	4140	4145	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594534
81	NC_018627	T	6	6	4188	4193	0 %	100 %	0 %	0 %	406594534
82	NC_018627	TAA	2	6	4206	4211	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406594534
83	NC_018627	AT	3	6	4224	4229	50 %	50 %	0 %	0 %	406594534
84	NC_018627	GAA	2	6	4243	4248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594534
85	NC_018627	AGC	2	6	4281	4286	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406594534
86	NC_018627	TAA	2	6	4310	4315	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406594534
87	NC_018627	AGGAG	2	10	4410	4419	40 %	0 %	60 %	0 %	406594534
88	NC_018627	AGA	2	6	4430	4435	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594534
89	NC_018627	CTT	2	6	4447	4452	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594534
90	NC_018627	ATG	2	6	4471	4476	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594534
91	NC_018627	GAT	2	6	4522	4527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594534
92	NC_018627	GCT	2	6	4576	4581	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406594534
93	NC_018627	CT	3	6	4726	4731	0 %	50 %	0 %	50 %	406594534
94	NC_018627	GAA	2	6	4806	4811	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594534
95	NC_018627	CTGTGG	2	12	4817	4828	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	406594534
96	NC_018627	AAG	2	6	4829	4834	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594534
97	NC_018627	TGG	2	6	4907	4912	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406594534
98	NC_018627	AAG	2	6	5006	5011	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594534
99	NC_018627	AGA	2	6	5109	5114	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594534
100	NC_018627	TTA	2	6	5129	5134	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406594534
101	NC_018627	CAA	2	6	5217	5222	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406594534
102	NC_018627	GAAA	2	8	5252	5259	75 %	0 %	25 %	0 %	406594534
103	NC_018627	T	7	7	5454	5460	0 %	100 %	0 %	0 %	406594817
104	NC_018627	AGA	2	6	5517	5522	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594817
105	NC_018627	CGAG	2	8	5523	5530	25 %	0 %	50 %	25 %	406594817
106	NC_018627	TGG	2	6	5583	5588	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406594817
107	NC_018627	TAT	2	6	5618	5623	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406594817
108	NC_018627	GTT	2	6	5664	5669	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406594817
109	NC_018627	CAA	2	6	5680	5685	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406594817
110	NC_018627	GAT	2	6	5707	5712	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594817
111	NC_018627	TGT	2	6	5727	5732	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406594817
112	NC_018627	GGA	2	6	5749	5754	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406594817
113	NC_018627	T	6	6	5783	5788	0 %	100 %	0 %	0 %	406594817
114	NC_018627	CAA	2	6	5860	5865	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406594817
115	NC_018627	TGA	2	6	5922	5927	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594817
116	NC_018627	GAT	2	6	5928	5933	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594817
117	NC_018627	TGT	3	9	5980	5988	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406594817
118	NC_018627	TGA	2	6	6044	6049	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594817
119	NC_018627	TGC	2	6	6062	6067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406594817
120	NC_018627	T	7	7	6069	6075	0 %	100 %	0 %	0 %	406594817
121	NC_018627	AC	3	6	6150	6155	50 %	0 %	0 %	50 %	406594817
122	NC_018627	TGC	2	6	6219	6224	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406594817
123	NC_018627	TGA	2	6	6240	6245	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406594817
124	NC_018627	GAA	2	6	6271	6276	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406594817
125	NC_018627	A	6	6	6275	6280	100 %	0 %	0 %	0 %	406594817
126	NC_018627	GAG	2	6	6284	6289	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406594817
127	NC_018627	TTC	2	6	6294	6299	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594817
128	NC_018627	CCT	2	6	6301	6306	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406594817
129	NC_018627	CTT	2	6	6347	6352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594817
130	NC_018627	GTT	2	6	6389	6394	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406594817
131	NC_018627	CT	3	6	6466	6471	0 %	50 %	0 %	50 %	406594817
132	NC_018627	T	6	6	6481	6486	0 %	100 %	0 %	0 %	406594817
133	NC_018627	ACA	2	6	6547	6552	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406594817
134	NC_018627	ATA	2	6	6587	6592	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406594817
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136	NC_018627	T	6	6	6673	6678	0 %	100 %	0 %	0 %	406594141
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400	NC_018627	CTT	2	6	19650	19655	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406594049
401	NC_018627	GCGT	2	8	19666	19673	0 %	25 %	50 %	25 %	406594049
402	NC_018627	GT	3	6	19672	19677	0 %	50 %	50 %	0 %	406594049
403	NC_018627	CAA	2	6	19699	19704	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406594049
404	NC_018627	CGT	2	6	19800	19805	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406594049
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407	NC_018627	A	7	7	19967	19973	100 %	0 %	0 %	0 %	406594049
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429	NC_018627	GTT	2	6	21071	21076	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406594747
430	NC_018627	TAAA	2	8	21087	21094	75 %	25 %	0 %	0 %	406594747
431	NC_018627	AGTGT	2	10	21117	21126	20 %	40 %	40 %	0 %	406594747
432	NC_018627	TC	3	6	21144	21149	0 %	50 %	0 %	50 %	406594747
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439	NC_018627	TATG	2	8	21586	21593	25 %	50 %	25 %	0 %	406594747
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